Działalność naukowa Stacji dotyczy badań z zakresu szeroko rozumianej nowoczesnej biologii doświadczalnej. Ze względu na swoje położenie zagadnienia będące tematem badań obejmują problematykę limnologiczną. Zadania badawcze realizowane przez pracowników Instytutu Biologii Doświadczalnej PAN zatrudnionych w Stacji dotyczą głównie ekologii zooplanktonu i mikrobiologicznego obiegu materii tzw. pętli mikrobiologicznej. Stacja udostępnia laboratoria również do prowadzenia badań i realizacji projektów naukowych pracownikom i studentom wyższych uczelni. Efektem prac badawczych prowadzonych na stacji są liczne publikacje i doktoraty. Zapraszamy do Stacji Badawczej Instytutu Nenckiego PAN w Mikołajkach naukowców z całego świata w celu realizacji zadań naukowych z zakresu nowoczesnej biologii doświadczalnej. Zapraszamy również studentów kierunków przyrodniczych do wykonywania prac licencjackich i magisterskich w oparciu o Stację w Mikołajkach.