W latach 1960-2012 w oparciu o badania wykonane na Stacji Hydrobiologicznej (przez jej pracowników oraz gości) powstało 57 rozpraw doktorskich:

2012 Ogrodowczyk P.
Maksymalna wysokość i tempo wzrostu na wysokość cienioznośnych gatunków drzew liściastych jako miara ich potencjału konkurencyjnego
Katedra Botaniki Leśnej i Ochrony Przyrody, Uniwersytet Rolniczy im.H. Kołłątaja w Krakowie
promotor – prof. dr hab. Jerzy Szwagrzyk

2011 Królicka A.
Różnorodność prokariotycznych mikroorganizmów planktonowych w gradiencie troficznym Wielkich Jezior Mazurskich”
Zakład Ekologii Mikroorganizmów, Uniwersytet Warszawski
promotor – prof. dr hab. Ryszard J. Chróst

2011 Lipińska A.
Znaczenie interakcji międzygatunkowych w inwazji niecierpka drobnokwiatowego Impatiens parviflora DC. na terenie Mazurskiego Parku Krajobrazowego
Centrum Badań Ekologicznych PAN
promotor – prof. dr hab. Janusz Uchmański

2010 Adamczewski T.
Występowanie i zróżnicowanie morfologiczne bakterii oraz ich aktywność i produkcja biomasy w jeziorach o różnej trofii wód
Zakład Ekologii Mikroorganizmów, Uniwersytet Warszawski
promotor – prof. dr hab. Ryszard J. Chróst)

2006 Marcalik W.
Dynamika produkcji i destrukcji bakteryjnej w zróżnicowanych troficznie ekosystemach jeziorowych.
Zakład Mikrobiologii, Wydział Biologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie
promotor: prof. dr hab. Aleksander Świątecki

2006 Müller T.
Zróżnicowanie cech historii życia racicznicy zmiennej Dreissena polymorpha Pallas, Uniwersytet Jagielloński

2006 Rzepecki M.
Przemiany związków fosforu w układzie woda-osad i ich rola w procesie eutrofizacji jezior
Centrum Badań Ekologicznych PAN
promotor: prof. dr hab. Anna Hillbricht-Ilkowska

2005 Kiersztyn B.
Rola bakterii osiadłych i swobodnie pływających w procesach dekompozycji substancji białkowych w wodach jeziornych
Uniwersytet Warszawski, Wydział Biologii
promotor: dr hab. Waldemar Siuda

2003 Kostrzewska-Szlakowska I.
Mikrowarstwa powierzchniowa: zależność składu chemicznego i zagęszczenia bakterii od trofii jeziora
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. A. Hillbricht-Ilkowska

2003 Koton-Czarnecka M.
Wydajność pętli mikrobiologicznej w utylizacji węgla organicznego w jeziorach o różnym stopniu eutrofizacji wód.
Zakład Mikrobiologii Organizmów, Uniwersytet Warszawski
promotor – prof. dr hab. Ryszard J. Chróst

2003 Słoń J.
Dobowe zmiany rozmieszczenia młodych ryb karpiowatych w jeziorach Pojezierza Mazurskiego.
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Maciej Zbigniew Gliwicz

2002 Kalinowska K.
Układ troficzny bakterioplanktonu i protozooplanktonu (nanowiciowce i orzęski) w jeziorach o różnej trofii: struktura, zmienność, zależności
Stacja Hydrobiologiczna Instytutu Ekologii PAN, Mikołajki,
promotor: prof. dr hab. A. Hillbricht-Ilkowska

2001 Czarnołęski M.
Cross-population allometries of zebra mussel life history traits – testing optimality models
Uniwersytet Jagielloński

1998 Jasser I.
Zmiany struktury i funkcji pikoplanktonu w jeziorach różnej trofii
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Anna Hillbricht-Ilkowska

1994 Gajewski A.
Enzymatyczny rozkład materii organicznej przez bakterie planktonowe w jeziorach. Zakład Mikrobiologii Organizmów, Uniwersytet Warszawski
promotor – prof. dr hab. Ryszard J. Chróst

1994 Wcisło R.
Produkcja wtórna bakterii w eutroficznym jeziorze Mikołajskim
Zakład Mikrobiologii Organizmów, Uniwersytet Warszawski
promotor – prof. dr hab. Ryszard J. Chróst

1991 Kloss M.
Zróżnicowanie i rozwój torfowisk w zagłębieniach bezodpływowych na obszarach młodoglacjalnych.
Instytut Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Tadeusz Traczyk

1989 Kufel I.
Akumulacja mikroelementów w trzcinie (Phragmites australis Cav. (Trin.) ex Steudel) i pałce wąskolistnej (Typha angustifolia L.) i drogi ich powrotu do środowiska.
Stacja Hydrobiologiczna Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Anna Hillbricht-Ilkowska

1988 Kotowska J.
Strefy graniczne zbiorowisk roślinnych w Mazurskim Parku Krajobrazowym
Instytut Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Tadeusz Traczyk

1988 Kruk M.
Próba oceny gospodarki mineralnej torfowisk w krajobrazie rolniczym
Instytut Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Tadeusz Traczyk

1987 Krupka M.
Przemiany form azotu w epilimnionie jeziora eutroficznego na przykładzie Jez. Głębokiego
Instytut Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. A. Hillbricht-Ilkowska

1986 Wilpiszewska I.
Produktywność i waloryzacja chemiczna roślinności bagiennej w młodoglacjalnym krajobrazie rolniczym
Instytut Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Tadeusz Traczyk

1985 Kamiński M.
Funkcjonowanie populacji słodkowodnego mszywioła Plumatella fungosa (Pall.)
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1985 Siuda W.
Rola i znaczenie fosfataz w mineralizacji organicznych połączeń fosforu w jeziorze eutroficznym
Zakład Mikrobiologii Organizmów Uniwersytetu Warszawskiego
promotor – doc. dr hab. Roman Mycielski

1984 Pijanowska J.
Zmienność morfologiczna i inne mechanizmy obrony przed drapieżnictwem w populacjach trzech gatunków Daphnia
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Maciej Zbigniew Gliwicz

1983 Kołodziejczyk A.
Występowanie Gastropoda w litoralu jeziornym i ich znaczenie w produkcji i przekształceniach detrytusu
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1982 Papińska K.
Występowanie w jeziorach, cykl życiowy i odżywianie się Mesocyclops leuckarti Claus (Copepoda, Cyclopoida)
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1981 Ejsmont-Karabin J.
Ekskrecja fosforu i azotu przez zooplankton (wrotki i skorupiaki) i jej rola w krążeniu pierwiastków biofilnych w pelagialu jeziornym
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. A. Hillbricht-Ilkowska

1981 Karabin A.
Analiza zmienności strukturalnych i ilościowych cech zespołów zooplanktonowych w procesie eutrofizacji jezior dla potrzeb monitoringu ekologicznego
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. A. Hillbricht-Ilkowska

1981 Lewandowski K.
Znaczenie wczesnych stadiów rozwojowych w dynamice populacji małża Dreissena polymorpha (Pall.) w jeziorach
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: doc. dr. hab. Anna Stańczykowska

1980 Goszczyńska W.
Rola erozji wietrznej w krążeniu materii na przykładzie wybranej zlewni Pojezierza Mazurskiego
Zakład Biogeochemii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr. hab. Kazimierz Petrusewicz

1980 Kornatowski J.
Biologia osoki aloesowatej (Stratiotes aloides L.) w jeziorach
Pracownia Środowisk Podmokłych, Instytut Ekologii PAN
promotor: doc. dr hab. Andrzej Szczepański

1980 Pereyra de Ramos E.
The ecological role of Characeae in the lake littoral
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1979 Kufel L.
Obieg fosforu w trzcinowisku
Pracownia Środowisk Podmokłych, Instytut Ekologii PAN
promotor: doc. dr hab. Andrzej Szczepański

1979 Niewiadomska U.
Wpływ ścieków komunalnych na peryfiton litoralu jeziornego
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1979 de Wachter-Woroniecka U.
Eksperymentalne badania wpływu związków pokarmowych na produkcję naturalnych zespołów fitoplanktonowych
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. A. Hillbricht-Ilkowska

1977 Dusoge K.
Występowanie i rola drapieżnych larw Procladius skuse (Diptera, Chironomidae) w bentosie jezior
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Zdzisław Kajak

1977 Wiśniewski R.J.
Wpływ czynników populacyjnych i biocenotycznych na liczebność, biomasę i produkcję Tubificidae (Oligochaeta) w jeziorach
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Zdzisław Kajak

1976 Głowacka I.
Odżywianie się larw Lepidoptera w litoralu jeziornym
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1976 Królikowska J.
Ekologiczne aspekty gospodarki wodnej helofitów
Pracownia Środowisk Podmokłych Instytutu Ekologii PAN
promotor: doc. dr A. Szczepański

1976 Ozimek T.M.
Wpływ ścieków komunalnych na makrofity zanurzone litoralu jeziornego
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1976 Prejs K.
Ekologia nicieni (Nematoda) różnych środowisk jeziornych
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1976 Szajnowski F.
Wpływ czynników makrośrodowiska na produkcję Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steudel
Pracownia Środowisk Podmokłych, Instytut Ekologii PAN, Mikołajki
promotor: doc. dr hab. Andrzej Szczepański

1974 Chróst R.J.
Inhibitory glonów jako czynnik ekologiczny regulujący stosunki ilościowe i jakościowe bakterii w ekosystemach wodnych
Zakład Mikrobiologii Organizmów, Uniwersytet Warszawski
promotor – prof. dr Kazimierz Matusiak

1974 Malanowski Z.
Biomasa i zasobność troficzna planktonu roślinnego trzech eutroficznych jezior mazurskich
Instytut Ekologii PAN
promotor: prof. dr. hab. Romuald Z. Klekowski

1974 Mochnacka-Ławacz H.
Ekologia i produkcja Phragmites communis Trinn. w różnych środowiskach
Instytut Ekologii PAN
promotor: doc. dr hab. Tadeusz Traczyk

1974 Zdanowski B.
Związki między produkcją pierwotną a eutrofizacją
Instytut Rybactwa Śródlądowego
promotor: doc. dr A. Szczepański)

1973 Kowalczewski A.
Peryfiton w strefie roślinności zanurzonej Jeziora Mikołajskiego
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska

1973 Soszka G.
Zależności ekologiczne między fauną naroślinną i roślinnością zanurzoną
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Ewa Pieczyńska)

1972 Durska B.
Studia nad grzybami pasożytniczymi roślin wodnych i bagiennych Pojezierza Mazurskiego
Dział Limnologii Stosowanej Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr Alina Skirgiełło

1972 Planter M.
Warunki fizyczne i chemiczne litoralu jeziornego w strefie helofitów
Dział Limnologii Stosowanej Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. R. Z. Klekowski

1972 Spodniewska I.
Struktura i produkcja fitoplanktonu Jeziora Mikołajskiego
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: doc. dr hab. Zdzisław Kajak

1971 Prejs A.
Odżywianie się introdukowanych i autochtonicznych ryb niedrapieżnych w eutroficznym jeziorze Warniak.
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Zdzisław Kajak

1967 Gliwicz Z.M.
Badania nad odżywianiem się zooplanktonu pelagicznego w jeziorach o różnej trofii. Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Kazimierz Petrusewicz

1967 Rybak J.I.
Osady denne jezior różnych typów troficznych
Zakład Hydrobiologii Instytutu Ekologii PAN
promotor: prof. dr hab. Kazimierz Petrusewicz

1964 Szczepańska W.
Odrębność limnologiczna małych zatoczek jeziornych
Stacja Hydrobiologiczna Instytutu Biologii Doświadczalnej PAN
promotor: prof. dr Józef Mikulski

1963 Pieczyńska E.
Badania nad zasiedlaniem nowych środowisk przez nicienie (Nematoda) i niektóre inne organizmy peryfitonowe
Zakład Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego
promotor: prof. dr hab. Kazimierz Petrusewicz

1961 Szczepański A.
Optyczne właściwości wody jeziornej a typologia
Stacja Hydrobiologiczna, Instytut Biologii Doświadczalnej PAN
promotor: prof. Mieczysław Bogucki